Entenda a finalidade de cada pasta, onde podem estar arquivos ou onde os colocar de acordo com sua necessidade.

1. /           –       Diretório raiz.
2. /bin       –      Diretório onde estão os arquivos  executáveis e comandos essenciais do sistema.
3. /boot     –      Diretório onde estão os arquivos necessários para iniciar o sistema. Aqui é onde fica localizada a imagem do Kernel do Linux.
4. /dev       –      Diretório onde estão os arquivos de dispositivos do sistema, como discos, cd-roms, terminais etc.
5. /etc         –      Diretório onde estão localizados os arquivos de configuração do sistema.
6. /home     –     Diretório que geralmente é usado  pelos usuários.
7. /lib          –      Diretório onde estão localizadas as bibliotecas essenciais ao sistema, utilizadas pelos programas em /bin e módulos do Kernel.
8. /lost+found          –      Diretório que armazena arquivos recuperados após corrompimento.
9. /media       –     Diretório vazio. Conterá subdiretórios com referência a dispositivos de armazenamento externo auto montados pelo sistema.
10. /mnt         –     Diretório vazio. Este diretório geralmente é utilizado para pontos de montagem de dispositivos.
11. /proc        –     Diretório que possui informações do Kernel e de processos.
12. /opt          –     Diretório onde estão localizados os aplicativos instalados que não venham com o Linux.
13. /root         –     Diretório do superusuários(root). Em algumas distribuições ele pode ou não estar presente.
14. /run        –     Diretório para armazenamento temporário de arquivos referentes a aplicativos em execução.
15. /sbin        –      Diretório onde estão os arquivos essenciais do sistema, como aplicativos, utilitários para administração do sistema. Normalmente só o superusuário(root) tem acesso aos arquivos.
16. /srv          –      Diretório para armazenamento pelo sistema de dados de serviços.
17. /sys          –      Diretório com arquivos específicos do sistema.
18. /tmp          –      Diretório de arquivos temporários.
19. /usr           –      Diretório de arquivos pertencentes aos usuários e a segunda maior hierarquia de diretórios no Linux.
20. /var           –       Diretório onde são guardadas informações variáveis ao sistema, como arquivos de logs etc…

Baseado em: https://www.ubuntudicas.com.br/2012/04/estrutura-de-diretorios-no-linux

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